Con la imperiosa necesidad de crear un Establecimiento Educacional que permitiera seguir los estudios de Enseñanza Media a los jóvenes de la Comuna de Quellón, en el año 1983 se realizan los Estudios de factibilidad para el Proyecto del Liceo en la Comuna y así que el día 4 de Abril de 1984 nace el Liceo C-40, con decreto cooperador 1084 anexo a la Escuela 1020, (la actual Escuela Básica Eulogia Borquez Pérez) siendo su Director el Señor Clímaco Hermosilla Cifuentes.
En el año 1984 el Liceo C 40 comienza su labor pedagógica con dos cursos, un Inspector General, siete profesores y una matrícula total de 57 alumnos, ocupando antiguas dependencias de la Escuela 1020.
Con el transcurso de los años el Liceo C-40 comienza aumentar su matrícula y también el anhelado sueño de entregar a los jóvenes la alternativa de seguir una Carrera Técnico Profesional, de esta manera que en el año 1993 se obtiene la aprobación del Ministerio de Educación para impartir la Educación Técnico Profesional, en la Especialidad de Técnicos en Recursos del Mar, en las menciones de Cultivos y Procesamiento.

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Con el avance del tiempo los liceos dejan de ser asignados por un número y es así que nuestro Liceo pasa a llamarse Liceo Rayen Mapu, palabra de origen Huilliche que significa “Tierra Florecida”.
En el año 1994 se echa abajo la vieja estructura que nos cobijaba y se inicia la construcción de las nuevas dependencias para enfrentar las nuevas necesidades para los nuevos tiempos, por ese año el Liceo funciona en las dependencias que hoy son la Escuela Alla Kintuy (Vista Hermosa) En 1995 volvemos nuevamente a la calle Jorge Vivar, pero en esa ocasión nos esperaba un nuevo Establecimiento para cobijar a nuevas generaciones de jóvenes de Quellón.
En el 2001 producto de adecuaciones curriculares en el Área Técnica, la Especialidad de Recursos del Mar cambia su nombre a Acuicultura; además ese año se implementa un Centro de Cultivos Experimental ubicado en esa época en el Sector de Compu y luego fue trasladado al Sector de Quellón Viejo. Ese mismo año se comienza a impartir la Especialidad de Técnico de Nivel Medio en Atención de Párvulos, destinados a las jóvenes de la Comuna que buscan otra alternativa de futuro en la Educación Técnico Profesional. Especialidad que se impartió hasta el año 2004.
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